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CONTE, MATTIA

CONTE, MATTIA  

DIPARTIMENTO DI FISICA "ETTORE PANCINI"  

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Titolo Tipologia Data di pubblicazione Autore(i) File
Inference of chromosome 3D structures from GAM data by a physics computational approach 1.1 Articolo in rivista 2020 Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Barbieri, M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
Modeling Single-Molecule Conformations of the HoxD Region in Mouse Embryonic Stem and Cortical Neuronal Cells 1.1 Articolo in rivista 2019 Bianco, S.; Annunziatella, C.; Andrey, G.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Prisco, A.; Conte, Mattia; Campanile, Raffaele; Nicodemi, M.
A Dynamic Folded Hairpin Conformation Is Associated with α-Globin Activation in Erythroid Cells 1.1 Articolo in rivista 2020 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Oudelaar, A. M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Larke, M. S. C.; Telenius, J. M.; Sciarretta, R.; Musella, F.; Buckle, V. J.; Higgs, D. R.; Hughes, J. R.; Nicodemi, M.
Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2020 Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Nicodemi, M.
Divergent Transcription of the Nkx2-5 Locus Generates Two Enhancer RNAs with Opposing Functions 1.1 Articolo in rivista 2020 Salamon, I.; Serio, S.; Bianco, S.; Pagiatakis, C.; Crasto, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Cattaneo, P.; Fiorillo, L.; Felicetta, A.; di Pasquale, E.; Kunderfranco, P.; Nicodemi, M.; Papait, R.; Condorelli, G.
A modern challenge of polymer physics: Novel ways to study, interpret, and reconstruct chromatin structure 1.1 Articolo in rivista 2020 Fiorillo, L.; Bianco, S.; Esposito, A.; Conte, M.; Sciarretta, R.; Musella, F.; Chiariello, A. M.
Physical mechanisms of chromatin spatial organization 1.1 Articolo in rivista 2021 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Irani, E.; Musella, F.; Abraham, A.; Prisco, A.; Nicodemi, M.
Promoter-proximal CTCF binding promotes distal enhancer-dependent gene activation 1.1 Articolo in rivista 2021 Kubo, N.; Ishii, H.; Xiong, X.; Bianco, S.; Meitinger, F.; Hu, R.; Hocker, J. D.; Conte, M.; Gorkin, D.; Yu, M.; Li, B.; Dixon, J. R.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhao, H.; Ren, B.
CTCF mediates dosage- and sequence-context-dependent transcriptional insulation by forming local chromatin domains 1.1 Articolo in rivista 2021 Huang, H.; Zhu, Q.; Jussila, A.; Han, Y.; Bintu, B.; Kern, C.; Conte, M.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Yu, M.; Hu, R.; Tastemel, M.; Juric, I.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhuang, X.; Ren, B.
Understanding chromatin structure: Efficient computational implementation of polymer physics models 4.1 Articoli in Atti di convegno 2019 Bianco, S.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Campanile, R.; Chiariello, A. M.
Hybrid Machine Learning and Polymer Physics Approach to Investigate 3D Chromatin Structure 4.1 Articoli in Atti di convegno 2020 Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Annunziatella, C.; Corrado, A.; Musella, F.; Sciarretta, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.
Higher-order Chromosome Structures Investigated by Polymer Physics in Cellular Morphogenesis and Differentiation 1.1 Articolo in rivista 2020 Esposito, A.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Sciarretta, R.; Bianco, S.
Analysis of Genome Architecture Mapping Data with a Machine Learning and Polymer-Physics-Based Tool 4.1 Articoli in Atti di convegno 2021 Fiorillo, L.; Conte, M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.
Polymer models are a versatile tool to study chromatin 3d organization 1.1 Articolo in rivista 2021 Esposito, A.; Bianco, S.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Abraham, A.; Musella, F.; Nicodemi, M.; Prisco, A.; Chiariello, A. M.
A Polymer Physics Model to Dissect Genome Organization in Healthy and Pathological Phenotypes 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) 2022 Conte, M.; Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Abraham, A.; Nicodemi, M.
Loop-extrusion and polymer phase-separation can co-exist at the single-molecule level to shape chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2022 Conte, Mattia; Irani, Ehsan; Chiariello, Andrea M.; Abraham, Alex; Bianco, Simona; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
Unveiling the Machinery behind Chromosome Folding by Polymer Physics Modeling 1.1 Articolo in rivista 2023 Conte, Mattia; Esposito, Andrea; Vercellone, Francesca; Abraham, Alex; Bianco, Simona
The Physics of DNA Folding: Polymer Models and Phase-Separation 1.1 Articolo in rivista 2022 Esposito, Andrea; Abraham, Alex; Conte, Mattia; Vercellone, Francesca; Prisco, Antonella; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.
Polymer Models of Chromatin Imaging Data in Single Cells 1.2 Recensione in rivista 2022 Conte, Mattia; Chiariello, Andrea M.; Abraham, Alex; Bianco, Simona; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario; Matteuzzi, Tommaso; Vercellone, Francesca
Multiscale modelling of chromatin 4D organization in SARS-CoV-2 infected cells 1.1 Articolo in rivista 2024 Chiariello, Andrea M.; Abraham, Alex; Bianco, Simona; Esposito, Andrea; Fontana, Andrea; Vercellone, Francesca; Conte, Mattia; Nicodemi, Mario