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BIANCO, SIMONA

BIANCO, SIMONA  

DIPARTIMENTO DI FISICA "ETTORE PANCINI"  

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Titolo Tipologia Data di pubblicazione Autore(i) File
Polymer physics of the large-scale structure of chromatin 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) 2016 Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
Active and poised promoter states drive folding of the extended HoxB locus in mouse embryonic stem cells 1.1 Articolo in rivista 2017 Barbieri, Mariano; Xie, Sheila Q; Torlai Triglia, Elena; Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; de Santiago, Inês; Branco, Miguel R; Rueda, David; Nicodemi, Mario; Pombo, Ana
Predicting chromatin architecture from models of polymer physics 1.1 Articolo in rivista 2017 Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
Polymer models of the hierarchical folding of the Hox-B chromosomal locus 1.1 Articolo in rivista 2016 Annunziatella, Carlo; Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; Nicodemi, Mario
The scaling features of the 3D organization of chromosomes are highlighted by a transformation a la Kadanoff of Hi-C data 1.1 Articolo in rivista 2017 Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario
A polymer physics investigation of the architecture of the murine orthologue of the 7q11.23 human locus 1.1 Articolo in rivista 2017 Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Prisco, Antonella; Nicodemi, Mario
Polymer physics predicts the effects of structural variants on chromatin architecture 1.1 Articolo in rivista 2018 Bianco, Simona; Lupiáñez, Darío G.; Chiariello, Andrea M.; Annunziatella, Carlo; Kraft, Katerina; Schöpflin, Robert; Wittler, Lars; Andrey, Guillaume; Vingron, Martin; Pombo, Ana; Mundlos, Stefan; Nicodemi, Mario
Molecular Dynamics simulations of the Strings and Binders Switch model of chromatin 1.1 Articolo in rivista 2018 Annunziatella, Carlo; Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
Dynamic 3D chromatin architecture contributes to enhancer specificity and limb morphogenesis 1.1 Articolo in rivista 2018 Kragesteen, B. K.; Spielmann, M.; Paliou, C.; Riedel, FRANK HEINRICH; Schoepflin, R.; Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Chiariello, ANDREA MARIA; Jerkovic, I.; Harabula, I.; Guckelberger, P.; Pechstein, M.; Wittler, L.; Chan, W. -L.; Franke, M.; Lupianez, D. G.; Kraft, K.; Timmermann, B.; Vingron, M.; Visel, A.; Nicodemi, Mario; Mundlos, S.; Andrey, G.
Single-allele chromatin interactions identify regulatory hubs in dynamic compartmentalized domains 1.1 Articolo in rivista 2018 Oudelaar, A. Marieke; Davies, James O. J.; Hanssen, Lars L. P.; Telenius, Jelena M.; Schwessinger, Ron; Liu, Yu; Brown, Jill M.; Downes, Damien J.; Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Nicodemi, Mario; Buckle, Veronica J.; Dekker, Job; Higgs, Douglas R.; Hughes, Jim R.
Models of polymer physics for the architecture of the cell nucleus 1.1 Articolo in rivista 2019 Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
Release of paused RNA polymerase II at specific loci favors DNA double-strand-break formation and promotes cancer translocations 1.1 Articolo in rivista 2019 Dellino, G. I.; Palluzzi, F.; Chiariello, A. M.; Piccioni, R.; Bianco, S.; Furia, L.; De Conti, G.; Bouwman, B. A. M.; Melloni, G.; Guido, D.; Giaco, L.; Luzi, L.; Cittaro, D.; Faretta, M.; Nicodemi, M.; Crosetto, N.; Pelicci, P. G.
Inference of chromosome 3D structures from GAM data by a physics computational approach 1.1 Articolo in rivista 2020 Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Barbieri, M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
Preformed chromatin topology assists transcriptional robustness of Shh during limb development 1.1 Articolo in rivista 2019 Paliou, C.; Guckelberger, P.; Schopflin, R.; Heinrich, V.; Esposito, A.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Annunziatella, C.; Helmuth, J.; Haas, S.; Jerkovic, I.; Brieske, N.; Wittler, L.; Timmermann, B.; Nicodemi, M.; Vingron, M.; Mundlos, S.; Andrey, G.
Modeling Single-Molecule Conformations of the HoxD Region in Mouse Embryonic Stem and Cortical Neuronal Cells 1.1 Articolo in rivista 2019 Bianco, S.; Annunziatella, C.; Andrey, G.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Prisco, A.; Conte, Mattia; Campanile, Raffaele; Nicodemi, M.
A Dynamic Folded Hairpin Conformation Is Associated with α-Globin Activation in Erythroid Cells 1.1 Articolo in rivista 2020 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Oudelaar, A. M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Larke, M. S. C.; Telenius, J. M.; Sciarretta, R.; Musella, F.; Buckle, V. J.; Higgs, D. R.; Hughes, J. R.; Nicodemi, M.
Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2020 Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Nicodemi, M.
Polymer physics indicates chromatin folding variability across single-cells results from state degeneracy in phase separation 1.1 Articolo in rivista 2020 Conte, M.; Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Nicodemi, M.
Divergent Transcription of the Nkx2-5 Locus Generates Two Enhancer RNAs with Opposing Functions 1.1 Articolo in rivista 2020 Salamon, I.; Serio, S.; Bianco, S.; Pagiatakis, C.; Crasto, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Cattaneo, P.; Fiorillo, L.; Felicetta, A.; di Pasquale, E.; Kunderfranco, P.; Nicodemi, M.; Papait, R.; Condorelli, G.
Chromosomes Phase Transition to Function 1.1 Articolo in rivista 2020 Nicodemi, M.; Bianco, S.