BIANCO, SIMONA
BIANCO, SIMONA
Dipartimento di Fisica "Ettore Pancini"
Repression and 3D-restructuring resolves regulatory conflicts in evolutionarily rearranged genomes
2022 Ringel, Alessa R; Szabo, Quentin; Chiariello, Andrea M; Chudzik, Konrad; Schöpflin, Robert; Rothe, Patricia; Mattei, Alexandra L; Zehnder, Tobias; Harnett, Dermot; Laupert, Verena; Bianco, Simona; Hetzel, Sara; Glaser, Juliane; Phan, Mai H Q; Schindler, Magdalena; Ibrahim, Daniel M; Paliou, Christina; Esposito, Andrea; Prada-Medina, Cesar A; Haas, Stefan A; Giere, Peter; Vingron, Martin; Wittler, Lars; Meissner, Alexander; Nicodemi, Mario; Cavalli, Giacomo; Bantignies, Frédéric; Mundlos, Stefan; Robson, Michael I
Loop-extrusion and polymer phase-separation can co-exist at the single-molecule level to shape chromatin folding
2022 Conte, M.; Irani, E.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Bianco, S.; Esposito, A.; Nicodemi, M.
Polymer physics of chromosome large-scale 3D organisation
2016 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Nicodemi, M.
The Strings and Binders Switch Model of Chromatin
2019 Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
The Physics of DNA Folding: Polymer Models and Phase-Separation
2022 Esposito, Andrea; Abraham, Alex; Conte, Mattia; Vercellone, Francesca; Prisco, Antonella; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.
Further Delineation of Duplications of ARX Locus Detected in Male Patients with Varying Degrees of Intellectual Disability
2022 Poeta, L.; Malacarne, M.; Padula, A.; Drongitis, D.; Verrillo, L.; Lioi, M. B.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Nicodemi, M.; Piccione, M.; Salzano, E.; Coviello, D.; Miano, M. G.
Polymer physics reveals a combinatorial code linking 3D chromatin architecture to 1D chromatin states
2022 Esposito, A.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Campanile, R.; Nicodemi, M.
A novel complex genomic rearrangement affecting the KCNJ2 regulatory region causes a variant of Cooks syndrome
2022 Cinque, L.; Micale, L.; Manara, E.; Esposito, A.; Palumbo, O.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Guerri, G.; Bertelli, M.; Giuffrida, M. G.; Bernardini, L.; Notarangelo, A.; Nicodemi, M.; Castori, M.
A Polymer Physics Model to Dissect Genome Organization in Healthy and Pathological Phenotypes
2022 Conte, M.; Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Abraham, A.; Nicodemi, M.
Polymer models are a versatile tool to study chromatin 3d organization
2021 Esposito, A.; Bianco, S.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Abraham, A.; Musella, F.; Nicodemi, M.; Prisco, A.; Chiariello, A. M.
Analysis of Genome Architecture Mapping Data with a Machine Learning and Polymer-Physics-Based Tool
2021 Fiorillo, L.; Conte, M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.
Higher-order Chromosome Structures Investigated by Polymer Physics in Cellular Morphogenesis and Differentiation
2020 Esposito, A.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Sciarretta, R.; Bianco, S.
Hybrid Machine Learning and Polymer Physics Approach to Investigate 3D Chromatin Structure
2020 Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Annunziatella, C.; Corrado, A.; Musella, F.; Sciarretta, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.
Understanding chromatin structure: Efficient computational implementation of polymer physics models
2019 Bianco, S.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Campanile, R.; Chiariello, A. M.
Efficient computational implementation of polymer physics models to explore chromatin structure
2019 Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Campanile, R.; Annunziatella, C.; Corrado, A.; Chiariello, M. G.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.
Dynamic and equilibrium properties of finite-size polymer models of chromosome folding
2021 Conte, M.; Fiorillo, L.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Musella, F.; Abraham, A.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.
Polymer models of the organization of chromosomes in the nucleus of cells
2015 Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; Andrea, Piccolo; Carlo, Annunziatella; Mariano, Barbieri; Ana, Pombo; Nicodemi, Mario
Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies
2021 Winick-Ng, W.; Kukalev, A.; Harabula, I.; Zea-Redondo, L.; Szabo, D.; Meijer, M.; Serebreni, L.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Irastorza-Azcarate, I.; Thieme, C. J.; Sparks, T. M.; Carvalho, S.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Irani, E.; Triglia, E. T.; Kolodziejczyk, A. A.; Abentung, A.; Apostolova, G.; Paul, E. J.; Franke, V.; Kempfer, R.; Akalin, A.; Teichmann, S. A.; Dechant, G.; Ungless, M. A.; Nicodemi, M.; Welch, L.; Castelo-Branco, G.; Pombo, A.
Comparison of the Hi-C, GAM and SPRITE methods using polymer models of chromatin
2021 Fiorillo, L.; Musella, F.; Conte, M.; Kempfer, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Kukalev, A.; Irastorza-Azcarate, I.; Esposito, A.; Abraham, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
CTCF mediates dosage- and sequence-context-dependent transcriptional insulation by forming local chromatin domains
2021 Huang, H.; Zhu, Q.; Jussila, A.; Han, Y.; Bintu, B.; Kern, C.; Conte, M.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Yu, M.; Hu, R.; Tastemel, M.; Juric, I.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhuang, X.; Ren, B.
Titolo | Tipologia | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
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Repression and 3D-restructuring resolves regulatory conflicts in evolutionarily rearranged genomes | 1.1 Articolo in rivista | 2022 | Ringel, Alessa R; Szabo, Quentin; Chiariello, Andrea M; Chudzik, Konrad; Schöpflin, Robert; Rothe, Patricia; Mattei, Alexandra L; Zehnder, Tobias; Harnett, Dermot; Laupert, Verena; Bianco, Simona; Hetzel, Sara; Glaser, Juliane; Phan, Mai H Q; Schindler, Magdalena; Ibrahim, Daniel M; Paliou, Christina; Esposito, Andrea; Prada-Medina, Cesar A; Haas, Stefan A; Giere, Peter; Vingron, Martin; Wittler, Lars; Meissner, Alexander; Nicodemi, Mario; Cavalli, Giacomo; Bantignies, Frédéric; Mundlos, Stefan; Robson, Michael I | |
Loop-extrusion and polymer phase-separation can co-exist at the single-molecule level to shape chromatin folding | 1.1 Articolo in rivista | 2022 | Conte, M.; Irani, E.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Bianco, S.; Esposito, A.; Nicodemi, M. | |
Polymer physics of chromosome large-scale 3D organisation | 1.1 Articolo in rivista | 2016 | Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Nicodemi, M. | |
The Strings and Binders Switch Model of Chromatin | 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) | 2019 | Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario | |
The Physics of DNA Folding: Polymer Models and Phase-Separation | 1.1 Articolo in rivista | 2022 | Esposito, Andrea; Abraham, Alex; Conte, Mattia; Vercellone, Francesca; Prisco, Antonella; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M. | |
Further Delineation of Duplications of ARX Locus Detected in Male Patients with Varying Degrees of Intellectual Disability | 1.1 Articolo in rivista | 2022 | Poeta, L.; Malacarne, M.; Padula, A.; Drongitis, D.; Verrillo, L.; Lioi, M. B.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Nicodemi, M.; Piccione, M.; Salzano, E.; Coviello, D.; Miano, M. G. | |
Polymer physics reveals a combinatorial code linking 3D chromatin architecture to 1D chromatin states | 1.1 Articolo in rivista | 2022 | Esposito, A.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Campanile, R.; Nicodemi, M. | |
A novel complex genomic rearrangement affecting the KCNJ2 regulatory region causes a variant of Cooks syndrome | 1.1 Articolo in rivista | 2022 | Cinque, L.; Micale, L.; Manara, E.; Esposito, A.; Palumbo, O.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Guerri, G.; Bertelli, M.; Giuffrida, M. G.; Bernardini, L.; Notarangelo, A.; Nicodemi, M.; Castori, M. | |
A Polymer Physics Model to Dissect Genome Organization in Healthy and Pathological Phenotypes | 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) | 2022 | Conte, M.; Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Abraham, A.; Nicodemi, M. | |
Polymer models are a versatile tool to study chromatin 3d organization | 1.1 Articolo in rivista | 2021 | Esposito, A.; Bianco, S.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Abraham, A.; Musella, F.; Nicodemi, M.; Prisco, A.; Chiariello, A. M. | |
Analysis of Genome Architecture Mapping Data with a Machine Learning and Polymer-Physics-Based Tool | 4.1 Articoli in Atti di convegno | 2021 | Fiorillo, L.; Conte, M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Chiariello, A. M.; Bianco, S. | |
Higher-order Chromosome Structures Investigated by Polymer Physics in Cellular Morphogenesis and Differentiation | 1.1 Articolo in rivista | 2020 | Esposito, A.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Sciarretta, R.; Bianco, S. | |
Hybrid Machine Learning and Polymer Physics Approach to Investigate 3D Chromatin Structure | 4.1 Articoli in Atti di convegno | 2020 | Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Annunziatella, C.; Corrado, A.; Musella, F.; Sciarretta, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S. | |
Understanding chromatin structure: Efficient computational implementation of polymer physics models | 4.1 Articoli in Atti di convegno | 2019 | Bianco, S.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Campanile, R.; Chiariello, A. M. | |
Efficient computational implementation of polymer physics models to explore chromatin structure | 1.1 Articolo in rivista | 2019 | Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Campanile, R.; Annunziatella, C.; Corrado, A.; Chiariello, M. G.; Bianco, S.; Chiariello, A. M. | |
Dynamic and equilibrium properties of finite-size polymer models of chromosome folding | 1.1 Articolo in rivista | 2021 | Conte, M.; Fiorillo, L.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Musella, F.; Abraham, A.; Bianco, S.; Chiariello, A. M. | |
Polymer models of the organization of chromosomes in the nucleus of cells | 1.1 Articolo in rivista | 2015 | Chiariello, ANDREA MARIA; Bianco, Simona; Andrea, Piccolo; Carlo, Annunziatella; Mariano, Barbieri; Ana, Pombo; Nicodemi, Mario | |
Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies | 1.1 Articolo in rivista | 2021 | Winick-Ng, W.; Kukalev, A.; Harabula, I.; Zea-Redondo, L.; Szabo, D.; Meijer, M.; Serebreni, L.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Irastorza-Azcarate, I.; Thieme, C. J.; Sparks, T. M.; Carvalho, S.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Irani, E.; Triglia, E. T.; Kolodziejczyk, A. A.; Abentung, A.; Apostolova, G.; Paul, E. J.; Franke, V.; Kempfer, R.; Akalin, A.; Teichmann, S. A.; Dechant, G.; Ungless, M. A.; Nicodemi, M.; Welch, L.; Castelo-Branco, G.; Pombo, A. | |
Comparison of the Hi-C, GAM and SPRITE methods using polymer models of chromatin | 1.1 Articolo in rivista | 2021 | Fiorillo, L.; Musella, F.; Conte, M.; Kempfer, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Kukalev, A.; Irastorza-Azcarate, I.; Esposito, A.; Abraham, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M. | |
CTCF mediates dosage- and sequence-context-dependent transcriptional insulation by forming local chromatin domains | 1.1 Articolo in rivista | 2021 | Huang, H.; Zhu, Q.; Jussila, A.; Han, Y.; Bintu, B.; Kern, C.; Conte, M.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Yu, M.; Hu, R.; Tastemel, M.; Juric, I.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhuang, X.; Ren, B. |