ANALISI COMPARATIVA DEL MITOGENOMA COMPLETO DI ALCUNE SPECIE DI SPARIDI E VALUTAZIONE DI UN NUOVO MARKER MOLECOLARE PER PAGELLUS ERYTHRINUS

Il Pagello fragolino (Pagellus erythrinus) è una delle specie di Sparidi più pescate e commercializzate nel Mar Mediterraneo e nell’Oceano Atlantico. Tale specie è molto apprezzata nei mercati Europei ed è spesso soggetta a frodi per sostituzione di specie. Le sostituzioni avvengono soprattutto mediante utilizzo di altri Sparidi con differente pregio commerciale. Le sequenze di DNA mitocondriale (mt) maggiormente utilizzate per l'identificazione di specie ittiche sono il citocromo b-CYTB, la citocromo c ossidasi I-COI, i geni che codificano per le subunità ribosomiali 16S e 12S. Ricerche recenti hanno dimostrato che lo studio dell'intero mtDNA consente di identificare nuovi marcatori molecolari specie-specifici e quindi più efficaci. In particolare, il gene NAD5 ha un'elevata capacità discriminatoria per le specie appartenenti alla famiglia Sparidae. Tuttavia, l'utilizzo di tutti questi markers molecolari richiede diversi steps analitici, come l'amplificazione del frammento target ed il sequenziamento. Quest’ultima fase rappresenta un momento critico dell’identificazione di specie, poiché richiede tempi lunghi. Inoltre, tale analisi deve essere effettuata in laboratori altamente specializzati, poiché la lettura errata di pochi nucleotidi può falsare la corretta identificazione della specie. Scopo di questo studio è stato quello di analizzare e confrontare l'intera sequenza di mtDNA di alcune specie di Sparidi al fine di identificare un marcatore molecolare utile per riconoscere la specie P. erythrinus, evitando la fase di sequenziamento. In questo studio sono stati confrontati i mitogenomi di n°13 Sparidi. L’allineamento degli mtDNA è stato condotto mediante l’utilizzo del software UGENE. L'algoritmo Hamming Distance è stato utilizzato per valutare la percentuale di diseguaglianza genetica tra le specie ed i geni. La p-genetic distance è stata valutata utilizzando il Maximum Composite Likelihood model. La variabilità della sequenza nucleotidica è stata determinata allineando le sequenze gene-by-gene utilizzando MEGA 6.0. I primers sono stati disegnati a mano in seguito ad allineamento multiplo delle sequenze complete di mtDNA mediante il software BioEdit Sequence Alignment Editor. L'efficienza dei primers per l'identificazione di P. erythrinus è stata testata mediante PCR end-point. Sono stati testati n°10 campioni di P. erythrinus con differente provenienza geografica e n°30 campioni di filetti appartenenti ad altre specie ittiche. I risultati della Hamming Distance analysis, della valutazione della p-genetic distance e dell’analisi di variabilità della sequenza nucleotidica hanno consentito di identificare il gene NAD2 come potenziale marcatore molecolare per gli Sparidi. La reazione PCR ha confermato la capacità di discriminazione del gene NAD2. In particolare, l'amplificazione di un frammento selezionato del gene NAD2 è stata possibile solo per la specie P. erythrinus. Tale risultato può consentire di verificare la specie senza necessità di sequenziamento, riducendo tempi e costi delle analisi ed aumentando l’efficienza dei risultati. La valutazione di presenza/assenza della specie P. erythrinus può essere ottenuta in poche ore di lavoro di laboratorio. Ulteriori indagini sono in corso al fine di identificare primers specie-specifici anche per altre specie appartenenti alla famiglia degli Sparidi. In accordo con il Regolamento (UE) 1379/2013, questo studio contribuisce alla tracciabilità molecolare dei prodotti della pesca.