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A community challenge to predict clinical outcomes after immune checkpoint blockade in non-small cell lung cancer 1.1 Articolo in rivista 2024 Mason, Mike; Lapuente-Santana, Óscar; Halkola, Anni S; Wang, Wenyu; Mall, Raghvendra; Xiao, Xu; Kaufman, Jacob; Jingxin, Fu; Pfeil, Jacob; Banerjee, Jineta; Chung, Verena; Chang, Han; Chasalow, Scott D; Lin, Hung Ying; Chai, Rongrong; Thomas, Yu; Finotello, Francesca; Mirtti, Tuomas; Mäyränpää, Mikko I; Bao, Jie; Verschuren, Emmy W; Ahmed, Eiman I; Ceccarelli, Michele; Miller, Lance D; Monaco, Gianni; Hendrickx, Wouter R L; Sherif, Shimaa; Yang, Lin; Tang, Ming; Shengqing Stan, Gu; Zhang, Wubing; Zhang, Yi; Zeng, Zexian; Das Sahu, Avinash; Yang, Liu; Yang, Wenxian; Bedognetti, Davide; Tang, Jing; Eduati, Federica; Laajala, Teemu D; Geese, William J; Guinney, Justin; Szustakowski, Joseph D; Vincent, Benjamin G; Carbone, David P
Quantifying intra-tumoral genetic heterogeneity of glioblastoma toward precision medicine using MRI and a data-inclusive machine learning algorithm 1.1 Articolo in rivista 2024 Wang, Lujia; Wang, Hairong; D'Angelo, Fulvio; Curtin, Lee; Sereduk, Christopher P; Leon, Gustavo De; Singleton, Kyle W; Urcuyo, Javier; Hawkins-Daarud, Andrea; Jackson, Pamela R; Krishna, Chandan; Zimmerman, Richard S; Patra, Devi P; Bendok, Bernard R; Smith, Kris A; Nakaji, Peter; Donev, Kliment; Baxter, Leslie C; Mrugała, Maciej M; Ceccarelli, Michele; Iavarone, Antonio; Swanson, Kristin R; Tran, Nhan L; Hu, Leland S; Li, Jing
MiR-449a antagonizes EMT through IL-6-mediated trans-signaling in laryngeal squamous cancer 1.1 Articolo in rivista 2024 Cossu, Alessia Maria; Melisi, Federica; Noviello, Teresa Maria Rosaria; Pasquale, Lucia Stefania; Grisolia, Piera; Reale, Carla; Bocchetti, Marco; Falco, Michela; Tammaro, Chiara; Accardo, Nunzio; Longo, Francesco; Allosso, Salvatore; Mesolella, Massimo; Addeo, Raffaele; Perri, Francesco; Ottaiano, Alessandro; Ricciardiello, Filippo; Amler, Evzen; Ambrosino, Concetta; Misso, Gabriella; Ceccarelli, Michele; Caraglia, Michele; Scrima, Marianna
An integrated tumor, immune and microbiome atlas of colon cancer 1.1 Articolo in rivista 2023 Roelands, Jessica; Kuppen, Peter J K; Ahmed, Eiman I; Mall, Raghvendra; Masoodi, Tariq; Singh, Parul; Monaco, Gianni; Raynaud, Christophe; de Miranda, Noel F C C; Ferraro, Luigi; Carneiro-Lobo, Tatiana C; Syed, Najeeb; Rawat, Arun; Awad, Amany; Decock, Julie; Mifsud, William; Miller, Lance D; Sherif, Shimaa; Mohamed, Mahmoud G; Rinchai, Darawan; Van den Eynde, Marc; Sayaman, Rosalyn W; Ziv, Elad; Bertucci, Francois; Petkar, Mahir Abdulla; Lorenz, Stephan; Mathew, Lisa Sara; Wang, Kun; Murugesan, Selvasankar; Chaussabel, Damien; Vahrmeijer, Alexander L; Wang, Ena; Ceccarelli, Anna; Fakhro, Khalid A; Zoppoli, Gabriele; Ballestrero, Alberto; Tollenaar, Rob A E M; Marincola, Francesco M; Galon, Jérôme; Khodor, Souhaila Al; Ceccarelli, Michele; Hendrickx, Wouter; Bedognetti, Davide
Immunotherapy for brain metastases and primary brain tumors 1.1 Articolo in rivista 2023 Di Giacomo, Anna M.; Mair, Maximilian J.; Ceccarelli, Michele; Anichini, Andrea; Ibrahim, Ramy; Weller, Michael; Lahn, Michael; Eggermont, Alexander M. M.; Fox, Bernard; Maio, Michele
Fast, accurate, and racially unbiased pan-cancer tumor-only variant calling with tabular machine learning 1.1 Articolo in rivista 2023 Mclaughlin, R. T.; Asthana, M.; Di Meo, M.; Ceccarelli, M.; Jacob, H. J.; Masica, D. L.
Guadecitabine plus ipilimumab in unresectable melanoma: five-year follow-up and integrated multi-omic analysis in the phase 1b NIBIT-M4 trial 1.1 Articolo in rivista 2023 Noviello, Teresa Maria Rosaria; Di Giacomo, Anna Maria; Caruso, Francesca Pia; Covre, Alessia; Mortarini, Roberta; Scala, Giovanni; Costa, Maria Claudia; Coral, Sandra; Fridman, Wolf H; Sautès-Fridman, Catherine; Brich, Silvia; Pruneri, Giancarlo; Simonetti, Elena; Lofiego, Maria Fortunata; Tufano, Rossella; Bedognetti, Davide; Anichini, Andrea; Maio, Michele; Ceccarelli, Michele
Pan-cancer onco-signatures reveal a novel mitochondrial subtype of luminal breast cancer with specific regulators 1.1 Articolo in rivista 2023 Simeone, I.; Ceccarelli, M.
Integrative multi-omics networks identify PKCδ and DNA-PK as master kinases of glioblastoma subtypes and guide targeted cancer therapy 1.1 Articolo in rivista 2023 Migliozzi, Simona; Oh, Young Taek; Hasanain, Mohammad; Garofano, Luciano; D'Angelo, Fulvio; Najac, Ryan D; Picca, Alberto; Bielle, Franck; Di Stefano, Anna Luisa; Lerond, Julie; Sarkaria, Jann N; Ceccarelli, Michele; Sanson, Marc; Lasorella, Anna; Iavarone, Antonio
A variational algorithm to detect the clonal copy number substructure of tumors from scRNA-seq data 1.1 Articolo in rivista 2023 De Falco, A.; Caruso, F.; Su, X. -D.; Iavarone, A.; Ceccarelli, M.
MOViDA: multiomics visible drug activity prediction with a biologically informed neural network model 1.1 Articolo in rivista 2023 Ferraro, Luigi; Scala, Giovanni; Cerulo, Luigi; Carosati, Emanuele; Ceccarelli, Michele
Landscape of immune-related signatures induced by targeting of different epigenetic regulators in melanoma: implications for immunotherapy 1.1 Articolo in rivista 2022 Anichini, Andrea; Molla, Alessandra; Nicolini, Gabriella; Perotti, Valentina Eleonora; Sgambelluri, Francesco; Covre, Alessia; Fazio, Carolina; Lofiego, Maria Fortunata; Di Giacomo, Anna Maria; Coral, Sandra; Manca, Antonella; Sini, Maria Cristina; Pisano, Marina; Noviello, Teresa; Caruso, Francesca; Brich, Silvia; Pruneri, Giancarlo; Maurichi, Andrea; Santinami, Mario; Ceccarelli, Michele; Palmieri, Giuseppe; Maio, Michele; Mortarini, Roberta
Immunologic constant of rejection signature is prognostic in soft-tissue sarcoma and refines the CINSARC signature 1.1 Articolo in rivista 2022 Bertucci, F.; Niziers, V.; De Nonneville, A.; Finetti, P.; Mescam, L.; Mir, O.; Italiano, A.; Le Cesne, A.; Blay, J. -Y.; Ceccarelli, M.; Bedognetti, D.; Birnbaum, D.; Mamessier, E.
Integrated Network Pharmacology Approach for Drug Combination Discovery: A Multi-Cancer Case Study 1.1 Articolo in rivista 2022 Federico, Antonio; Fratello, Michele; Scala, Giovanni; Möbus, Lena; Pavel, Alisa; Del Giudice, Giusy; Ceccarelli, Michele; Costa, Valerio; Ciccodicola, Alfredo; Fortino, Vittorio; Serra, Angela; Greco, Dario
A novel microRNA signature for the detection of melanoma by liquid biopsy 1.1 Articolo in rivista 2022 Sabato, Claudia; Noviello, Teresa Maria Rosaria; Covre, Alessia; Coral, Sandra; Caruso, Francesca Pia; Besharat, Zein Mersini; Splendiani, Elena; Masuelli, Laura; Battistelli, Cecilia; Vacca, Alessandra; Catanzaro, Giuseppina; Po, Agnese; Anichini, Andrea; Maio, Michele; Ceccarelli, Michele; Di Giacomo, Anna Maria; Ferretti, Elisabetta
Loss of circadian rhythmicity in bdnf knockout zebrafish larvae 1.1 Articolo in rivista 2022 D'Agostino, Ylenia; Frigato, Elena; Noviello, Teresa M R; Toni, Mattia; Frabetti, Flavia; Cigliano, Luisa; Ceccarelli, Michele; Sordino, Paolo; Cerulo, Luigi; Bertolucci, Cristiano; D'Aniello, Salvatore
Genetic predisposition to cancer across people of different ancestries in Qatar: a population-based, cohort study 1.1 Articolo in rivista 2022 Saad, M.; Mokrab, Y.; Halabi, N.; Shan, J.; Razali, R.; Kunji, K.; Syed, N.; Temanni, R.; Subramanian, M.; Ceccarelli, M.; Rafii Tabrizi, A.; Bedognetti, D.; Chouchane, L.
An anti-PD-1–GITR-L bispecific agonist induces GITR clustering-mediated T cell activation for cancer immunotherapy 1.1 Articolo in rivista 2022 Chan, S.; Belmar, N.; Ho, S.; Rogers, B.; Stickler, M.; Graham, M.; Lee, E.; Tran, N.; Zhang, D.; Gupta, P.; Sho, M.; Macdonough, T.; Woolley, A.; Kim, H.; Zhang, H.; Liu, W.; Zheng, P.; Dezso, Z.; Halliwill, K.; Ceccarelli, M.; Rhodes, S.; Thakur, A.; Forsyth, C. M.; Xiong, M.; Tan, S. S.; Iyer, R.; Lake, M.; Digiammarino, E.; Zhou, L.; Bigelow, L.; Longenecker, K.; Judge, R. A.; Liu, C.; Trumble, M.; Remis, J. P.; Fox, M.; Cairns, B.; Akamatsu, Y.; Hollenbaugh, D.; Harding, F.; Alvarez, H. M.
Network-based identification of key master regulators associated with an immune-silent cancer phenotype 1.1 Articolo in rivista 2021 Mall, R.; Saad, M.; Roelands, J.; Rinchai, D.; Kunji, K.; Almeer, H.; Hendrickx, W.; M Marincola, F.; Ceccarelli, M.; Bedognetti, D.
Pathway-based classification of glioblastoma uncovers a mitochondrial subtype with therapeutic vulnerabilities 1.1 Articolo in rivista 2021 Garofano, L.; Migliozzi, S.; Oh, Y. T.; D'Angelo, F.; Najac, R. D.; Ko, A.; Frangaj, B.; Caruso, F. P.; Yu, K.; Yuan, J.; Zhao, W.; Luisa Di Stefano, A.; Bielle, F.; Jiang, T.; Sims, P.; Suva, M. L.; Tang, F.; Su, X. -D.; Ceccarelli, M.; Sanson, M.; Lasorella, A.; Iavarone, A.
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