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OneDep, a unified system for deposition, biocuration, and validation of experimentally determined structures of biological macromolecules to the PDB archive, has been developed as a global collaboration by the worldwide PDB (wwPDB) partners. This new system was designed to ensure that the wwPDB could meet the evolving archiving requirements of the scientific community over the coming decades. OneDep unifies deposition, biocuration, and validation pipelines across all wwPDB, EMDB, and BMRB deposition sites with improved focus on data quality and completeness in these archives, while supporting growth in the number of depositions and increases in their average size and complexity. In this paper, we describe the design, functional operation, and supporting infrastructure of the OneDep system, and provide initial performance assessments.
OneDep: Unified wwPDB System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures in the PDB Archive / Young, J. Y.; Westbrook, J. D.; Feng, Z.; Sala, R.; Peisach, E.; Oldfield, T. J.; Sen, S.; Gutmanas, A.; Armstrong, D. R.; Berrisford, J. M.; Chen, L.; Chen, M.; DI COSTANZO, Luigi; Dimitropoulos, D.; Gao, G.; Ghosh, S.; Gore, S.; Guranovic, V.; Hendrickx, P. M. S.; Hudson, B. P.; Igarashi, R.; Ikegawa, Y.; Kobayashi, N.; Lawson, C. L.; Liang, Y.; Mading, S.; Mak, L.; Mir, M. S.; Mukhopadhyay, A.; Patwardhan, A.; Persikova, I.; Rinaldi, L.; Sanz-Garcia, E.; Sekharan, M. R.; Shao, C.; Swaminathan, G. J.; Tan, L.; Ulrich, E. L.; van Ginkel, G.; Yamashita, R.; Yang, H.; Zhuravleva, M. A.; Quesada, M.; Kleywegt, G. J.; Berman, H. M.; Markley, J. L.; Nakamura, H.; Velankar, S.; Burley, S. K.. - In: STRUCTURE. - ISSN 0969-2126. - 25:3(2017), pp. 536-545. [10.1016/j.str.2017.01.004]
OneDep: Unified wwPDB System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures in the PDB Archive
Young J. Y.;Westbrook J. D.;Feng Z.;Sala R.;Peisach E.;Oldfield T. J.;Sen S.;Gutmanas A.;Armstrong D. R.;Berrisford J. M.;Chen L.;Chen M.;Di Costanzo Luigi;Dimitropoulos D.;Gao G.;Ghosh S.;Gore S.;Guranovic V.;Hendrickx P. M. S.;Hudson B. P.;Igarashi R.;Ikegawa Y.;Kobayashi N.;Lawson C. L.;Liang Y.;Mading S.;Mak L.;Mir M. S.;Mukhopadhyay A.;Patwardhan A.;Persikova I.;Rinaldi L.;Sanz-Garcia E.;Sekharan M. R.;Shao C.;Swaminathan G. J.;Tan L.;Ulrich E. L.;van Ginkel G.;Yamashita R.;Yang H.;Zhuravleva M. A.;Quesada M.;Kleywegt G. J.;Berman H. M.;Markley J. L.;Nakamura H.;Velankar S.;Burley S. K.
2017
Abstract
OneDep, a unified system for deposition, biocuration, and validation of experimentally determined structures of biological macromolecules to the PDB archive, has been developed as a global collaboration by the worldwide PDB (wwPDB) partners. This new system was designed to ensure that the wwPDB could meet the evolving archiving requirements of the scientific community over the coming decades. OneDep unifies deposition, biocuration, and validation pipelines across all wwPDB, EMDB, and BMRB deposition sites with improved focus on data quality and completeness in these archives, while supporting growth in the number of depositions and increases in their average size and complexity. In this paper, we describe the design, functional operation, and supporting infrastructure of the OneDep system, and provide initial performance assessments.
OneDep: Unified wwPDB System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures in the PDB Archive / Young, J. Y.; Westbrook, J. D.; Feng, Z.; Sala, R.; Peisach, E.; Oldfield, T. J.; Sen, S.; Gutmanas, A.; Armstrong, D. R.; Berrisford, J. M.; Chen, L.; Chen, M.; DI COSTANZO, Luigi; Dimitropoulos, D.; Gao, G.; Ghosh, S.; Gore, S.; Guranovic, V.; Hendrickx, P. M. S.; Hudson, B. P.; Igarashi, R.; Ikegawa, Y.; Kobayashi, N.; Lawson, C. L.; Liang, Y.; Mading, S.; Mak, L.; Mir, M. S.; Mukhopadhyay, A.; Patwardhan, A.; Persikova, I.; Rinaldi, L.; Sanz-Garcia, E.; Sekharan, M. R.; Shao, C.; Swaminathan, G. J.; Tan, L.; Ulrich, E. L.; van Ginkel, G.; Yamashita, R.; Yang, H.; Zhuravleva, M. A.; Quesada, M.; Kleywegt, G. J.; Berman, H. M.; Markley, J. L.; Nakamura, H.; Velankar, S.; Burley, S. K.. - In: STRUCTURE. - ISSN 0969-2126. - 25:3(2017), pp. 536-545. [10.1016/j.str.2017.01.004]
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
