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More than 100 loci have been identified for age at menarche by genome-wide association studies; however, collectively these explain only ∼3% of the trait variance. Here we test two overlooked sources of variation in 192,974 European ancestry women: low-frequency protein-coding variants and X-chromosome variants. Five missense/nonsense variants (in ALMS1/LAMB2/TNRC6A/TACR3/PRKAG1) are associated with age at menarche (minor allele frequencies 0.08-4.6%; effect sizes 0.08-1.25 years per allele; P<5 × 10(-8)). In addition, we identify common X-chromosome loci at IGSF1 (rs762080, P=9.4 × 10(-13)) and FAAH2 (rs5914101, P=4.9 × 10(-10)). Highlighted genes implicate cellular energy homeostasis, post-transcriptional gene silencing and fatty-acid amide signalling. A frequently reported mutation in TACR3 for idiopathic hypogonatrophic hypogonadism (p.W275X) is associated with 1.25-year-later menarche (P=2.8 × 10(-11)), illustrating the utility of population studies to estimate the penetrance of reportedly pathogenic mutations. Collectively, these novel variants explain ∼0.5% variance, indicating that these overlooked sources of variation do not substantially explain the 'missing heritability' of this complex trait.
Rare coding variants and X-linked loci associated with age at menarche / Lunetta, Kathryn L; Day, Felix R; Sulem, Patrick; Ruth, Katherine S; Tung, Joyce Y; Hinds, David A; Esko, Tõnu; Elks, Cathy E; Altmaier, Elisabeth; He, Chunyan; Huffman, Jennifer E; Mihailov, Evelin; Porcu, Eleonora; Robino, Antonietta; Rose, Lynda M; Schick, Ursula M; Stolk, Lisette; Teumer, Alexander; Thompson, Deborah J; Traglia, Michela; Wang, Carol A; Yerges Armstrong, Laura M; Antoniou, Antonis C; Barbieri, Caterina; Coviello, Andrea D; Cucca, Francesco; Demerath, Ellen W; Dunning, Alison M; Gandin, Ilaria; Grove, Megan L; Gudbjartsson, Daniel F; Hocking, Lynne J; Hofman, Albert; Huang, Jinyan; Jackson, Rebecca D; Karasik, David; Kriebel, Jennifer; Lange, Ethan M; Lange, Leslie A; Langenberg, Claudia; Li, Xin; Luan, Jian'An; Mägi, Reedik; Morrison, Alanna C; Padmanabhan, Sandosh; Pirie, Ailith; Polasek, Ozren; Porteous, David; Reiner, Alex P; Rivadeneira, Fernando; Rudan, Igor; Sala, Cinzia F; Schlessinger, David; Scott, Robert A; Stöckl, Doris; Visser, Jenny A; Völker, Uwe; Vozzi, Diego; Wilson, James G; Zygmunt, Marek; Boerwinkle, Eric; Buring, Julie E; Crisponi, Laura; Easton, Douglas F; Hayward, Caroline; Hu, Frank B; Liu, Simin; Metspalu, Andres; Pennell, Craig E; Ridker, Paul M; Strauch, Konstantin; Streeten, Elizabeth A; Toniolo, Daniela; Uitterlinden, André G; Ulivi, Sheila; Völzke, Henry; Wareham, Nicholas J; Wellons, Melissa; Franceschini, Nora; Chasman, Daniel I; Thorsteinsdottir, Unnur; Murray, Anna; Stefansson, Kari; Murabito, Joanne M; Ong, Ken K; Perry, John R. B.; Panico, Salvatore. - In: NATURE COMMUNICATIONS. - ISSN 2041-1723. - 6:(2015), p. 7756. [10.1038/ncomms8756]
Rare coding variants and X-linked loci associated with age at menarche
Lunetta, Kathryn L;Day, Felix R;Sulem, Patrick;Ruth, Katherine S;Tung, Joyce Y;Hinds, David A;Esko, Tõnu;Elks, Cathy E;Altmaier, Elisabeth;He, Chunyan;Huffman, Jennifer E;Mihailov, Evelin;Porcu, Eleonora;Robino, Antonietta;Rose, Lynda M;Schick, Ursula M;Stolk, Lisette;Teumer, Alexander;Thompson, Deborah J;Traglia, Michela;Wang, Carol A;Yerges Armstrong, Laura M;Antoniou, Antonis C;Barbieri, Caterina;Coviello, Andrea D;Cucca, Francesco;Demerath, Ellen W;Dunning, Alison M;Gandin, Ilaria;Grove, Megan L;Gudbjartsson, Daniel F;Hocking, Lynne J;Hofman, Albert;Huang, Jinyan;Jackson, Rebecca D;Karasik, David;Kriebel, Jennifer;Lange, Ethan M;Lange, Leslie A;Langenberg, Claudia;Li, Xin;Luan, Jian'An;Mägi, Reedik;Morrison, Alanna C;Padmanabhan, Sandosh;Pirie, Ailith;Polasek, Ozren;Porteous, David;Reiner, Alex P;Rivadeneira, Fernando;Rudan, Igor;Sala, Cinzia F;Schlessinger, David;Scott, Robert A;Stöckl, Doris;Visser, Jenny A;Völker, Uwe;Vozzi, Diego;Wilson, James G;Zygmunt, Marek;Boerwinkle, Eric;Buring, Julie E;Crisponi, Laura;Easton, Douglas F;Hayward, Caroline;Hu, Frank B;Liu, Simin;Metspalu, Andres;Pennell, Craig E;Ridker, Paul M;Strauch, Konstantin;Streeten, Elizabeth A;Toniolo, Daniela;Uitterlinden, André G;Ulivi, Sheila;Völzke, Henry;Wareham, Nicholas J;Wellons, Melissa;Franceschini, Nora;Chasman, Daniel I;Thorsteinsdottir, Unnur;Murray, Anna;Stefansson, Kari;Murabito, Joanne M;Ong, Ken K;Perry, John R. B.;PANICO, SALVATORE
2015
Abstract
More than 100 loci have been identified for age at menarche by genome-wide association studies; however, collectively these explain only ∼3% of the trait variance. Here we test two overlooked sources of variation in 192,974 European ancestry women: low-frequency protein-coding variants and X-chromosome variants. Five missense/nonsense variants (in ALMS1/LAMB2/TNRC6A/TACR3/PRKAG1) are associated with age at menarche (minor allele frequencies 0.08-4.6%; effect sizes 0.08-1.25 years per allele; P<5 × 10(-8)). In addition, we identify common X-chromosome loci at IGSF1 (rs762080, P=9.4 × 10(-13)) and FAAH2 (rs5914101, P=4.9 × 10(-10)). Highlighted genes implicate cellular energy homeostasis, post-transcriptional gene silencing and fatty-acid amide signalling. A frequently reported mutation in TACR3 for idiopathic hypogonatrophic hypogonadism (p.W275X) is associated with 1.25-year-later menarche (P=2.8 × 10(-11)), illustrating the utility of population studies to estimate the penetrance of reportedly pathogenic mutations. Collectively, these novel variants explain ∼0.5% variance, indicating that these overlooked sources of variation do not substantially explain the 'missing heritability' of this complex trait.
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.