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Combined exome and whole transcriptome sequencing identifies a de novo intronic SRCAP variant causing DEHMBA syndrome with severe sleep disorder 1.1 Articolo in rivista 2024 Morlino, Silvia; Vaccaro, Lorenzo; Leone, Maria Pia; Nardella, Grazia; Bisceglia, Luigi; Ortore, Rocco Pio; Verzicco, Giannandrea; Cassano, Lazzaro; Castori, Marco; Cacchiarelli, Davide; Micale, Lucia
Single-cell guided prenatal derivation of primary fetal epithelial organoids from human amniotic and tracheal fluids 1.1 Articolo in rivista 2024 Gerli, Mattia Francesco Maria; Calà, Giuseppe; Beesley, Max Arran; Sina, Beatrice; Tullie, Lucinda; Sun, Kylin Yunyan; Panariello, Francesco; Michielin, Federica; Davidson, Joseph R; Russo, Francesca Maria; Jones, Brendan C; Lee, Dani Do Hyang; Savvidis, Savvas; Xenakis, Theodoros; Simcock, Ian C; Straatman-Iwanowska, Anna A; Hirst, Robert A; David, Anna L; O'Callaghan, Christopher; Olivo, Alessandro; Eaton, Simon; Loukogeorgakis, Stavros P; Cacchiarelli, Davide; Deprest, Jan; Li, Vivian S W; Giobbe, Giovanni Giuseppe; De Coppi, Paolo
Identification of druggable host dependency factors shared by multiple SARS-CoV-2 variants of concern 1.1 Articolo in rivista 2024 Frasson, Ilaria; Diamante, Linda; Zangrossi, Manuela; Carbognin, Elena; Dalla Pietà, Anna; Penna, Alessandro; Rosato, Antonio; Verin, Ranieri; Torrigiani, Filippo; Salata, Cristiano; Dizanzo, Marìa Paula; Vaccaro, Lorenzo; Cacchiarelli, Davide; Richter, Sara N; Montagner, Marco; Martello, Graziano
Cellular population dynamics shape the route to human pluripotency 1.1 Articolo in rivista 2023 Panariello, Francesco; Gagliano, Onelia; Luni, Camilla; Grimaldi, Antonio; Angiolillo, Silvia; Qin, Wei; Manfredi, Anna; Annunziata, Patrizia; Slovin, Shaked; Vaccaro, Lorenzo; Riccardo, Sara; Bouche, Valentina; Dionisi, Manuela; Salvi, Marcello; Martewicz, Sebastian; Hu, Manli; Cui, Meihua; Stuart, Hannah; Laterza, Cecilia; Baruzzo, Giacomo; Schiebinger, Geoffrey; Di Camillo, Barbara; Cacchiarelli, Davide; Elvassore, Nicola
Esrrb conveys naïve pluripotent cells through the formative transcriptional program 1.1 Articolo in rivista 2023 Carbognin, Elena; Carlini, Valentina; Panariello, Francesco; Chieregato, Martina; Guerzoni, Elena; Benvegnù, Davide; Perrera, Valentina; Malucelli, Cristina; Cesana, Marcella; Grimaldi, Antonio; Mutarelli, Margherita; Carissimo, Annamaria; Tennenbaum, Eitan; Kugler, Hillel; Hackett, Jamie A.; Cacchiarelli, Davide; Martello, Graziano
Multi-omic approach characterises the neuroprotective role of retromer in regulating lysosomal health 1.1 Articolo in rivista 2023 Daly, James L; Danson, Chris M; Lewis, Philip A; Zhao, Lu; Riccardo, Sara; Di Filippo, Lucio; Cacchiarelli, Davide; Lee, Daehoon; Cross, Stephen J; Heesom, Kate J; Xiong, Wen-Cheng; Ballabio, Andrea; Edgar, James R; Cullen, Peter J
TFEB and TFE3 control glucose homeostasis by regulating insulin gene expression 1.1 Articolo in rivista 2023 Pasquier, Adrien; Pastore, Nunzia; D'Orsi, Luca; Colonna, Rita; Esposito, Alessandra; Maffia, Veronica; De Cegli, Rossella; Mutarelli, Margherita; Ambrosio, Susanna; Tufano, Gennaro; Grimaldi, Antonio; Cesana, Marcella; Cacchiarelli, Davide; Delalleau, Nathalie; Napolitano, Gennaro; Ballabio, Andrea
EGR1 drives cell proliferation by directly stimulating TFEB transcription in response to starvation 1.1 Articolo in rivista 2023 Cesana, Marcella; Tufano, Gennaro; Panariello, Francesco; Zampelli, Nicolina; Ambrosio, Susanna; De Cegli, Rossella; Mutarelli, Margherita; Vaccaro, Lorenzo; Ziller, Micheal J; Cacchiarelli, Davide; Medina, Dl; Ballabio, Andrea
Transcriptome Analysis Reveals Altered Expression of Genes Involved in Hypoxia, Inflammation and Immune Regulation in Pdcd10-Depleted Mouse Endothelial Cells 1.1 Articolo in rivista 2022 Fusco, Carmela; Nardella, Grazia; Di Filippo, Lucio; Dejana, Elisabetta; Cacchiarelli, Davide; Petracca, Antonio; Micale, Lucia; Malinverno, Matteo; Castori, Marco
Therapeutic homology-independent targeted integration in retina and liver 1.1 Articolo in rivista 2022 Tornabene, P.; Ferla, R.; Llado-Santaeularia, M.; Centrulo, M.; Dell'Anno, M.; Esposito, F.; Marrocco, E.; Pone, E.; Minopoli, R.; Iodice, C.; Nusco, E.; Rossi, S.; Lyubenova, H.; Manfredi, A.; Di Filippo, L.; Iuliano, A.; Torella, A.; Piluso, G.; Musacchia, F.; Surace, E. M.; Cacchiarelli, D.; Nigro, V.; Auricchio, A.
Improved SARS-CoV-2 sequencing surveillance allows the identification of new variants and signatures in infected patients 1.1 Articolo in rivista 2022 Grimaldi, Antonio; Panariello, Francesco; Annunziata, Patrizia; Giuliano, Teresa; Daniele, Michela; Pierri, Biancamaria; Colantuono, Chiara; Salvi, Marcello; Bouché, Valentina; Manfredi, Anna; Cuomo, Maria Concetta; Di Concilio, Denise; Tiberio, Claudia; Fiorenza, Mariano; Portella, Giuseppe; Cimmino, Ilaria; Sorrentino, Antonio; Fusco, Giovanna; Granata, Maria Rosaria; Cerino, Pellegrino; Limone, Antonio; Atripaldi, Luigi; Ballabio, Andrea; Cacchiarelli, Davide
3D ECM-rich environment sustains the identity of naive human iPSCs 1.1 Articolo in rivista 2022 Cesare, Elisa; Urciuolo, Anna; Stuart, Hannah T; Torchio, Erika; Gesualdo, Alessia; Laterza, Cecilia; Gagliano, Onelia; Martewicz, Sebastian; Cui, Meihua; Manfredi, Anna; Di Filippo, Lucio; Sabatelli, Patrizia; Squarzoni, Stefano; Zorzan, Irene; Betto, Riccardo M; Martello, Graziano; Cacchiarelli, Davide; Luni, Camilla; Elvassore, Nicola
Loss-of-function variants in exon 4 of TAB2 cause a recognizable multisystem disorder with cardiovascular, facial, cutaneous, and musculoskeletal involvement 1.1 Articolo in rivista 2022 Micale, Lucia; Morlino, Silvia; Carbone, Annalucia; Carissimo, Annamaria; Nardella, Grazia; Fusco, Carmela; Palumbo, Orazio; Schirizzi, Annalisa; Russo, Federica; Mazzoccoli, Gianluigi; Breckpot, Jeroen; De Luca, Chiara; Ferraris, Alessandro; Giunta, Cecilia; Grammatico, Paola; Haanpää, Maria K; Mancano, Giorgia; Forzano, Giulia; Cacchiarelli, Davide; Van Esch, Hilde; Callewaert, Bert; Rohrbach, Marianne; Castori, Marco
SARS-CoV-2 variants: what have we learnt so far? Commentary 1.1 Articolo in rivista 2022 Ambrosio, Luigina; Chiara, Matteo; Lo Presti, Alessandra; Poletti, Piero; Alteri, Claudia; Cacchiarelli, Davide; Bouchè, Valentina; Morgante, Michele; Ballabio, Andrea; Perno, Carlo Federico; Merler, Stefano; Pesole, Graziano; Stefanelli, Paola
Integrated exome and transcriptome analysis prioritizes MAP4K4 de novo frameshift variants in autism spectrum disorder as a novel disease-gene association 1.1 Articolo in rivista 2022 Cesana, M; Vaccaro, L; Larsen, M J; Kibæk, M; Micale, L; Riccardo, S; Annunziata, P; Colantuono, C; Di Filippo, L; De Brasi, D; Castori, M; Fagerberg, C; Acquaviva, F; Cacchiarelli, D
BrewerIX enables allelic expression analysis of imprinted and X-linked genes from bulk and single-cell transcriptomes 1.1 Articolo in rivista 2022 Martini, Paolo; Sales, Gabriele; Diamante, Linda; Perrera, Valentina; Colantuono, Chiara; Riccardo, Sara; Cacchiarelli, Davide; Romualdi, Chiara; Martello, Graziano
Integrated genomics identifies MiR-181/TFAM pathway as a critical driver of drug resistance in melanoma 1.1 Articolo in rivista 2021 Barbato, A.; Iuliano, A.; Volpe, M.; D'Alterio, R.; Brillante, S.; Massa, F.; De Cegli, R.; Carrella, S.; Salati, M.; Russo, A.; Russo, G.; Riccardo, S.; Cacchiarelli, D.; Capone, M.; Madonna, G.; Ascierto, P. A.; Franco, B.; Indrieri, A.; Carotenuto, P.
Automatic identification of small molecules that promote cell conversion and reprogramming 1.1 Articolo in rivista 2021 Napolitano, F.; Rapakoulia, T.; Annunziata, P.; Hasegawa, A.; Cardon, M.; Napolitano, S.; Vaccaro, L.; Iuliano, A.; Wanderlingh, L. G.; Kasukawa, T.; Medina Sanabria Diego, Luis.; Cacchiarelli, D.; Gao, X.; di Bernardo, D.; Arner, E.
SARS-CoV-2 infection and replication in human gastric organoids 1.1 Articolo in rivista 2021 Giobbe, G. G.; Bonfante, F.; Jones, B. C.; Gagliano, O.; Luni, C.; Zambaiti, E.; Perin, S.; Laterza, C.; Busslinger, G.; Stuart, H.; Pagliari, M.; Bortolami, A.; Mazzetto, E.; Manfredi, A.; Colantuono, C.; Di Filippo, L.; Pellegata, A. F.; Panzarin, V.; Thapar, N.; Li, V. S. W.; Eaton, S.; Cacchiarelli, D.; Clevers, H.; Elvassore, N.; De Coppi, P.
Synchronization between peripheral circadian clock and feeding-fasting cycles in microfluidic device sustains oscillatory pattern of transcriptome 1.1 Articolo in rivista 2021 Gagliano, O.; Luni, C.; Li, Y.; Angiolillo, S.; Qin, W.; Panariello, F.; Cacchiarelli, D.; Takahashi, J. S.; Elvassore, N.
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