Individuazione e caratterizzazione dei retroposoni nel gene CSN1S1 di capra.

Il genoma bovino contiene tre tipi di elementi di origine retroposonica: Bov-B (1,8%), Bov-A2 (0,5%) e Bov-tA (1,6%). Gli elementi Bov-B sono LINEs il cui 5’ è caratteristicamente rappresentato da un elemento PstI. Probabilmente, da questi si è originato il Bov-A, componente sia del Bov-tA (etero-dimero di tRNAGly, pseudogene per un tRNA e un Bov-A) che del Bov-A2 (omo-dimero del Bov-A). Il presente lavoro riporta l’individuazione e caratterizzazione di elementi retroposonici al locus CSN1S1 che codifica per la caseina as1 di capra. Il DNA genomico è stato estratto dai leucociti ottenuti da campioni individuali di sangue di capre autoctone allevate in provincia di Napoli. Mediante PCR è stato amplificato ed in seguito sequenziato l’intero gene CSN1S1, utilizzando primer disegnati sia sul cDNA caprino che sull’omologa sequenza bovina. L’analisi del gene CSN1S1 caprino ed il confronto con le sequenze disponibili in Banca Dati ha evidenziato la presenza di 7 elementi di origine retroposonica, tre dei quali sono situati nella regione 5’UTR. Di questi ultimi, il primo e più distale (A) sembrerebbe essere una sequenza PstI, probabilmente parte di un Bov-B, mentre i restanti due (B e C) sono Bov-tA le cui sequenze sono rispettivamente omologhe e complementari a quella di riferimento (Lenstra J.A, EMBL n°X64124/5/6). Nel 2° e nell’8° introne si sono inseriti rispettivamente un Bov-A2 (D), fiancheggiato una perfetta ripetizione di 12 bp, e Bov-B troncato (G) fiancheggiato da una ripetizione 11bp. In particolare, la prima parte di quest’elemento si caratterizza per la ripetizione tandem: (TCAGT)CAC(TCAGT). Nell’introne 11 sono situati gli ultimi due retroposoni: un Bov-tA (I) ed un Bov-B troncato (L) il quale si caratterizza, analogamente al precedente, per la ripetizione tandem: TGCC(TCAGT)4CAC(TCAGT). Circa l’11.4% del gene CSNISI di capra è costituito da DNA di origine retroposonica vs il 14.7% dell’omologa sequenza bovina. Tale differenza è dovuta principalmente alla presenza in quest’ultima di tre elementi extra: un Bov-A2 nell’introne 2 (E), un Bov-tA nell’introne 11 (H) ed il residuo di un LINE nel 5° introne (F). CONCLUSIONI – La presenza/assenza di sequenze retroposoniche rappresenta un utile strumento per un’attenta analisi filogenetica. Ad esempio, l’inserzione più recente degli elementi E, F e H adduce prove ulteriori circa l’origine ancestrale della specie caprina rispetto a quella bovina. In generale, l'espansione genomica ad opera di inserzione retroposoniche potrebbe essere interpretata come una conveniente strategia evolutiva adottata dalla maggior parte degli organismi per rendere meno esposte alle mutazioni le regioni più vulnerabili: esoni, promoter o altri elementi regolatori.