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Polymer physics reveals a combinatorial code linking 3D chromatin architecture to 1D chromatin states 1.1 Articolo in rivista 2022 Esposito, A.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Campanile, R.; Nicodemi, M.
Comparison of the Hi-C, GAM and SPRITE methods using polymer models of chromatin 1.1 Articolo in rivista 2021 Fiorillo, L.; Musella, F.; Conte, M.; Kempfer, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Kukalev, A.; Irastorza-Azcarate, I.; Esposito, A.; Abraham, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies 1.1 Articolo in rivista 2021 Winick-Ng, W.; Kukalev, A.; Harabula, I.; Zea-Redondo, L.; Szabo, D.; Meijer, M.; Serebreni, L.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Irastorza-Azcarate, I.; Thieme, C. J.; Sparks, T. M.; Carvalho, S.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Irani, E.; Triglia, E. T.; Kolodziejczyk, A. A.; Abentung, A.; Apostolova, G.; Paul, E. J.; Franke, V.; Kempfer, R.; Akalin, A.; Teichmann, S. A.; Dechant, G.; Ungless, M. A.; Nicodemi, M.; Welch, L.; Castelo-Branco, G.; Pombo, A.
Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2020 Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Nicodemi, M.
Inference of chromosome 3D structures from GAM data by a physics computational approach 1.1 Articolo in rivista 2020 Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Barbieri, M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
A Dynamic Folded Hairpin Conformation Is Associated with α-Globin Activation in Erythroid Cells 1.1 Articolo in rivista 2020 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Oudelaar, A. M.; Esposito, A.; Annunziatella, C.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Corrado, A.; Prisco, A.; Larke, M. S. C.; Telenius, J. M.; Sciarretta, R.; Musella, F.; Buckle, V. J.; Higgs, D. R.; Hughes, J. R.; Nicodemi, M.
Divergent Transcription of the Nkx2-5 Locus Generates Two Enhancer RNAs with Opposing Functions 1.1 Articolo in rivista 2020 Salamon, I.; Serio, S.; Bianco, S.; Pagiatakis, C.; Crasto, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Cattaneo, P.; Fiorillo, L.; Felicetta, A.; di Pasquale, E.; Kunderfranco, P.; Nicodemi, M.; Papait, R.; Condorelli, G.
Polymer physics indicates chromatin folding variability across single-cells results from state degeneracy in phase separation 1.1 Articolo in rivista 2020 Conte, M.; Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Nicodemi, M.
The Strings and Binders Switch Model of Chromatin 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) 2019 Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Annunziatella, Carlo; Esposito, Andrea; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
Modeling Single-Molecule Conformations of the HoxD Region in Mouse Embryonic Stem and Cortical Neuronal Cells 1.1 Articolo in rivista 2019 Bianco, S.; Annunziatella, C.; Andrey, G.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Prisco, A.; Conte, Mattia; Campanile, Raffaele; Nicodemi, M.
Models of polymer physics for the architecture of the cell nucleus 1.1 Articolo in rivista 2019 Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
Molecular Dynamics simulations of the Strings and Binders Switch model of chromatin 1.1 Articolo in rivista 2018 Annunziatella, Carlo; Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Nicodemi, Mario
A polymer physics investigation of the architecture of the murine orthologue of the 7q11.23 human locus 1.1 Articolo in rivista 2017 Chiariello, Andrea M.; Esposito, Andrea; Annunziatella, Carlo; Bianco, Simona; Fiorillo, Luca; Prisco, Antonella; Nicodemi, Mario
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