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Unveiling the Machinery behind Chromosome Folding by Polymer Physics Modeling 1.1 Articolo in rivista 2023 Conte, Mattia; Esposito, Andrea; Vercellone, Francesca; Abraham, Alex; Bianco, Simona
Multiplex-GAM: genome-wide identification of chromatin contacts yields insights overlooked by Hi-C 1.1 Articolo in rivista 2023 Beagrie, Robert A; Thieme, Christoph J; Annunziatella, Carlo; Baugher, Catherine; Zhang, Yingnan; Schueler, Markus; Kukalev, Alexander; Kempfer, Rieke; Chiariello, Andrea M; Bianco, Simona; Li, Yichao; Davis, Trenton; Scialdone, Antonio; Welch, Lonnie R; Nicodemi, Mario; Pombo, Ana
A Polymer Physics Model to Dissect Genome Organization in Healthy and Pathological Phenotypes 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) 2022 Conte, M.; Fiorillo, L.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Abraham, A.; Nicodemi, M.
A novel complex genomic rearrangement affecting the KCNJ2 regulatory region causes a variant of Cooks syndrome 1.1 Articolo in rivista 2022 Cinque, L.; Micale, L.; Manara, E.; Esposito, A.; Palumbo, O.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Guerri, G.; Bertelli, M.; Giuffrida, M. G.; Bernardini, L.; Notarangelo, A.; Nicodemi, M.; Castori, M.
Efficient computational implementation of polymer physics models to explore chromatin structure 1.1 Articolo in rivista 2022 Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Campanile, R.; Annunziatella, C.; Corrado, A.; Chiariello, M. G.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.
The Physics of DNA Folding: Polymer Models and Phase-Separation 1.1 Articolo in rivista 2022 Esposito, Andrea; Abraham, Alex; Conte, Mattia; Vercellone, Francesca; Prisco, Antonella; Bianco, Simona; Chiariello, Andrea M.
Polymer physics reveals a combinatorial code linking 3D chromatin architecture to 1D chromatin states 1.1 Articolo in rivista 2022 Esposito, A.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Campanile, R.; Nicodemi, M.
Polymer Models of Chromatin Imaging Data in Single Cells 1.2 Recensione in rivista 2022 Conte, Mattia; Chiariello, Andrea M.; Abraham, Alex; Bianco, Simona; Esposito, Andrea; Nicodemi, Mario; Matteuzzi, Tommaso; Vercellone, Francesca
Further Delineation of Duplications of ARX Locus Detected in Male Patients with Varying Degrees of Intellectual Disability 1.1 Articolo in rivista 2022 Poeta, L.; Malacarne, M.; Padula, A.; Drongitis, D.; Verrillo, L.; Lioi, M. B.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Nicodemi, M.; Piccione, M.; Salzano, E.; Coviello, D.; Miano, M. G.
Loop-extrusion and polymer phase-separation can co-exist at the single-molecule level to shape chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2022 Conte, M.; Irani, E.; Chiariello, A. M.; Abraham, A.; Bianco, S.; Esposito, A.; Nicodemi, M.
Repression and 3D-restructuring resolves regulatory conflicts in evolutionarily rearranged genomes 1.1 Articolo in rivista 2022 Ringel, Alessa R; Szabo, Quentin; Chiariello, Andrea M; Chudzik, Konrad; Schöpflin, Robert; Rothe, Patricia; Mattei, Alexandra L; Zehnder, Tobias; Harnett, Dermot; Laupert, Verena; Bianco, Simona; Hetzel, Sara; Glaser, Juliane; Phan, Mai H Q; Schindler, Magdalena; Ibrahim, Daniel M; Paliou, Christina; Esposito, Andrea; Prada-Medina, Cesar A; Haas, Stefan A; Giere, Peter; Vingron, Martin; Wittler, Lars; Meissner, Alexander; Nicodemi, Mario; Cavalli, Giacomo; Bantignies, Frédéric; Mundlos, Stefan; Robson, Michael I
Dynamic and equilibrium properties of finite-size polymer models of chromosome folding 1.1 Articolo in rivista 2021 Conte, M.; Fiorillo, L.; Annunziatella, C.; Esposito, A.; Musella, F.; Abraham, A.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.
Promoter-proximal CTCF binding promotes distal enhancer-dependent gene activation 1.1 Articolo in rivista 2021 Kubo, N.; Ishii, H.; Xiong, X.; Bianco, S.; Meitinger, F.; Hu, R.; Hocker, J. D.; Conte, M.; Gorkin, D.; Yu, M.; Li, B.; Dixon, J. R.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhao, H.; Ren, B.
Analysis of Genome Architecture Mapping Data with a Machine Learning and Polymer-Physics-Based Tool 4.1 Articoli in Atti di convegno 2021 Fiorillo, L.; Conte, M.; Esposito, A.; Musella, F.; Flora, F.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.
Physical mechanisms of chromatin spatial organization 1.1 Articolo in rivista 2021 Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Irani, E.; Musella, F.; Abraham, A.; Prisco, A.; Nicodemi, M.
Polymer models are a versatile tool to study chromatin 3d organization 1.1 Articolo in rivista 2021 Esposito, A.; Bianco, S.; Fiorillo, L.; Conte, M.; Abraham, A.; Musella, F.; Nicodemi, M.; Prisco, A.; Chiariello, A. M.
Comparison of the Hi-C, GAM and SPRITE methods using polymer models of chromatin 1.1 Articolo in rivista 2021 Fiorillo, L.; Musella, F.; Conte, M.; Kempfer, R.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Kukalev, A.; Irastorza-Azcarate, I.; Esposito, A.; Abraham, A.; Prisco, A.; Pombo, A.; Nicodemi, M.
Cell-type specialization is encoded by specific chromatin topologies 1.1 Articolo in rivista 2021 Winick-Ng, W.; Kukalev, A.; Harabula, I.; Zea-Redondo, L.; Szabo, D.; Meijer, M.; Serebreni, L.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Irastorza-Azcarate, I.; Thieme, C. J.; Sparks, T. M.; Carvalho, S.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Irani, E.; Triglia, E. T.; Kolodziejczyk, A. A.; Abentung, A.; Apostolova, G.; Paul, E. J.; Franke, V.; Kempfer, R.; Akalin, A.; Teichmann, S. A.; Dechant, G.; Ungless, M. A.; Nicodemi, M.; Welch, L.; Castelo-Branco, G.; Pombo, A.
CTCF mediates dosage- and sequence-context-dependent transcriptional insulation by forming local chromatin domains 1.1 Articolo in rivista 2021 Huang, H.; Zhu, Q.; Jussila, A.; Han, Y.; Bintu, B.; Kern, C.; Conte, M.; Zhang, Y.; Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Yu, M.; Hu, R.; Tastemel, M.; Juric, I.; Hu, M.; Nicodemi, M.; Zhuang, X.; Ren, B.
Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding 1.1 Articolo in rivista 2020 Bianco, S.; Chiariello, A. M.; Conte, M.; Esposito, A.; Fiorillo, L.; Musella, F.; Nicodemi, M.
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