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Mitochondrial metabolism and neuroinflammation in the cerebral cortex and cortical synapses of rats: effect of milk intake through DNA methylation 1.1 Articolo in rivista 2024 Trinchese, G.; Feola, A.; Cavaliere, G.; Cimmino, F.; Catapano, A.; Penna, E.; Scala, G.; Greco, L.; Bernardo, L.; Porcellini, A.; Crispino, M.; Pezone, A.; Mollica, M. P.
Reprogramming of the gut microbiota following feralization in Sus scrofa 1.1 Articolo in rivista 2023 Petrelli, Simona; Buglione, Maria; Rivieccio, Eleonora; Ricca, Ezio; Baccigalupi, Loredana; Scala, Giovanni; Fulgione, Domenico
Phylogenomics of Acinetobacter species and analysis of antimicrobial resistance genes 1.1 Articolo in rivista 2023 Migliaccio, Antonella; Bray, James; Intoccia, Michele; Stabile, Maria; Scala, Giovanni; Jolley, Keith A; Brisse, Sylvain; Zarrilli, Raffaele
MOViDA: multiomics visible drug activity prediction with a biologically informed neural network model 1.1 Articolo in rivista 2023 Ferraro, Luigi; Scala, Giovanni; Cerulo, Luigi; Carosati, Emanuele; Ceccarelli, Michele
Accumulation of 8-oxodG within the human mitochondrial genome positively associates with transcription 1.1 Articolo in rivista 2023 Scala, Giovanni; Ambrosio, Susanna; Menna, Margherita; Gorini, Francesca; Caiazza, Carmen; Cooke, Marcus S; Majello, Barbara; Amente, Stefano
Guadecitabine plus ipilimumab in unresectable melanoma: five-year follow-up and integrated multi-omic analysis in the phase 1b NIBIT-M4 trial 1.1 Articolo in rivista 2023 Noviello, Teresa Maria Rosaria; Di Giacomo, Anna Maria; Caruso, Francesca Pia; Covre, Alessia; Mortarini, Roberta; Scala, Giovanni; Costa, Maria Claudia; Coral, Sandra; Fridman, Wolf H; Sautès-Fridman, Catherine; Brich, Silvia; Pruneri, Giancarlo; Simonetti, Elena; Lofiego, Maria Fortunata; Tufano, Rossella; Bedognetti, Davide; Anichini, Andrea; Maio, Michele; Ceccarelli, Michele
Nextcast: a software suite to analyse and model toxicogenomics data 1.1 Articolo in rivista 2022 Serrap, Angela; Saarimäki, Laura Aliisa; Pavel, Alisa; Giudice, Giusy del; Fratello, Michele; Cattelani, Luca; Federico, Antonio; Laurino, Omar; Marwah, Veer Singh; Fortino, Vittorio; Scala, Giovanni; Sofia Kinaret, Pia Anneli; Greco, Dario
A novel workflow for the qualitative analysis of DNA methylation data 1.1 Articolo in rivista 2022 Sarnataro, Antonella; De Riso, Giulia; Cocozza, Sergio; Pezone, Antonio; Majello, Barbara; Amente, Stefano; Scala, Giovanni
MC profiling: a novel approach to analyze DNA methylation heterogeneity in genome-wide bisulfite sequencing data 1.1 Articolo in rivista 2022 De Riso, Giulia; Sarnataro, Antonella; Scala, Giovanni; Cuomo, Mariella; Della Monica, Rosa; Amente, Stefano; Chiariotti, Lorenzo; Miele, Gennaro; Cocozza, Sergio
OxiDIP-Seq for Genome-wide Mapping of Damaged DNA Containing 8-Oxo-2'-Deoxyguanosine 1.1 Articolo in rivista 2022 Gorini, Francesca; Scala, Giovanni; Ambrosio, Susanna; Majello, Barbara; Amente, Stefano
Integrated Network Pharmacology Approach for Drug Combination Discovery: A Multi-Cancer Case Study 1.1 Articolo in rivista 2022 Federico, Antonio; Fratello, Michele; Scala, Giovanni; Möbus, Lena; Pavel, Alisa; Del Giudice, Giusy; Ceccarelli, Michele; Costa, Valerio; Ciccodicola, Alfredo; Fortino, Vittorio; Serra, Angela; Greco, Dario
Microarray Data Preprocessing: From Experimental Design to Differential Analysis 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) 2022 Federico, Antonio; Saarimäki, Laura Aliisa; Serra, Angela; del Giudice, Giusy; Kinaret, Pia Anneli Sofia; Scala, Giovanni; Greco, Dario
Unsupervised Algorithms for Microarray Sample Stratification 2.1 Contributo in volume (Capitolo o Saggio) 2022 Fratello, M.; Cattelani, L.; Federico, A.; Pavel, A.; Scala, G.; Serra, A.; Greco, D.
8-oxodG accumulation within super-enhancers marks fragile CTCF-mediated chromatin loops 1.1 Articolo in rivista 2022 Scala, Giovanni; Gorini, Francesca; Ambrosio, Susanna; Chiariello, Andrea M; Nicodemi, Mario; Lania, Luigi; Majello, Barbara; Amente, Stefano
Targeted inhibition of ubiquitin signaling reverses metabolic reprogramming and suppresses glioblastoma growth 1.1 Articolo in rivista 2022 Delle Donne, Rossella; Iannucci, Rosa; Rinaldi, Laura; Roberto, Luca; Oliva, Maria A; Senatore, Emanuela; Borzacchiello, Domenica; Lignitto, Luca; Giurato, Giorgio; Rizzo, Francesca; Sellitto, Assunta; Chiuso, Francesco; Castaldo, Salvatore; Scala, Giovanni; Campani, Virginia; Nele, Valeria; De Rosa, Giuseppe; D'Ambrosio, Chiara; Garbi, Corrado; Scaloni, Andrea; Weisz, Alessandro; Ambrosino, Concetta; Arcella, Antonella; Feliciello, Antonio
CpGmotifs: a tool to discover DNA motifs associated to CpG methylation events 1.1 Articolo in rivista 2021 Scala, G.; Federico, A.; Greco, D.
Multi-walled carbon nanotubes elicit concordant changes in DNA methylation and gene expression following long-term pulmonary exposure in mice 1.1 Articolo in rivista 2021 Scala, G.; Delaval, M. N.; Mukherjee, S. P.; Federico, A.; Khaliullin, T. O.; Yanamala, N.; Fatkhutdinova, L. M.; Kisin, E. R.; Greco, D.; Fadeel, B.; Shvedova, A. A.
The TBC1D31/praja2 complex controls primary ciliogenesis through PKA-directed OFD1 ubiquitylation 1.1 Articolo in rivista 2021 Senatore, E.; Chiuso, F.; Rinaldi, L.; Intartaglia, D.; Delle Donne, R.; Pedone, E.; Catalanotti, B.; Pirone, L.; Fiorillo, B.; Moraca, F.; Giamundo, G.; Scala, G.; Raffeiner, A.; Torres-Quesada, O.; Stefan, E.; Kwiatkowski, M.; van Pijkeren, A.; Morleo, M.; Franco, B.; Garbi, C.; Conte, I.; Feliciello, A.
DNA Methylation Levels in Mononuclear Leukocytes from the Mother and Her Child Are Associated with IgE Sensitization to Allergens in Early Life 1.1 Articolo in rivista 2021 Acevedo, Nathalie; Scala, Giovanni; Merid, Simon Kebede; Frumento, Paolo; Bruhn, Sören; Andersson, Anna; Ogris, Christoph; Bottai, Matteo; Pershagen, Göran; Koppelman, Gerard H; Melén, Erik; Sonnhammer, Erik; Alm, Johan; Söderhäll, Cilla; Kere, Juha; Greco, Dario; Scheynius, Annika
Genome-wide mapping of genomic DNA damage: methods and implications 1.1 Articolo in rivista 2021 Amente, S.; Scala, G.; Majello, B.; Azmoun, S.; Tempest, H. G.; Premi, S.; Cooke, M. S.
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